网站的目录结构指网站组织和存放站内所有文档的目录设置情况，目录结构的好坏，直接影响站点管理和维护，以及内容信息未来的扩充和移植。
一般使用文件夹构建文档的结构。首先为网站创建一个根文件夹，然后在其中创建多个文件夹，再将文档分门别类存储到相应的文件夹下。如果将所有文件都存放在根目录下，容易造成文件管理的混乱，并且在提交时会使上传速度变慢。
其次要按栏目内容建立子目录，对每个栏目都相应建立一个文件夹。不同类型的素材设置不同文件夹，将需要经常更新的栏目建立独立的子目录，所有程序一般都存放在特定目录。提供下载的内容也放在一个目录下，以便维护管理。而一些相关性强，不需要经常更新的栏目则可以合并后放在同一文件夹中。
目录名和文件名，尽量使用英文或汉语拼音，使用中文可能对网址的正确显示造成困难。同时，要使用意义明确的名称，以便记忆。目录的层次不应太深，尽量让用户在最短的时间找到相应的内容。